‫מדריך למידה גנטיקה א‬

‫‪20495‬‬
‫מבוא‪ :‬פרקים ‪1,7,8,9‬‬

‫מנחה‪ :‬ד"ר נטע אלטמן‬

 ‫מספר מילים מקדימות‬
‫ברוכים הבאים למדריך הלמידה של הקורס ‪ 20495‬גנטיקה א‬ ‫‪‬‬

‫חומרי הקורס המחייבים אתכם הם ספר הקורס (הפרקים הרלוונטיים משני‬ ‫‪‬‬

‫הכרכים)‪ ,‬מדריך הלמידה על כל תכניו וכן החומר הנלמד במפגשי החובה‬

‫במעבדות‬
‫מטרת המדריך‪ :‬הבהרת חלקים שונים מחומר הלימוד והתמקדות בשיטות‬ ‫‪‬‬

‫פתרון תרגילים‬
‫החומרים המוצגים במדריך הם חלק מחומרי הקורס עליהם תיבחנו‬ ‫‪‬‬
 ‫פרק ‪1‬‬
‫הגישה הגנטית לביולוגיה‬
‫מהי הגנטיקה?‬
‫גנים ‪– ))Wilhelm Johannsen‬‬ ‫‪‬‬

‫המרכיבים הבסיסיים של מערכת המידע‬

‫התורשתי‬
‫גנום – אוסף כל הגנים של אורגניזם‪ /‬כלל‬ ‫‪‬‬

‫הרצף של ה ‪DNA‬‬
‫גנטיקה – עוסקת בגיוון‪ ,‬הכפלה‪ ,‬מוטציות‬ ‫‪‬‬

‫ותרגום של המידע המצוי בגנים‪.‬‬

 ‫תחילת מדע הגנטיקה המודרני ‪1865‬‬
‫‪Gregor Mendel‬מפרסם את תוצאותיו‪.‬‬ ‫‪‬‬

‫◦ הסיק כי גורמים בדידים נושאים את המידע‬

‫הגנטי בין הורים לצאצאיהם‬
‫◦ מאוחר יותר התגלה כי הגורמים הבדידים (הם‬
‫גרגור מנדל‪ ,‬אבי הגנטיקה המודרנית‬ ‫הגנים) נישאים על הכרומוזומים‬
‫תמונה מתוך ויקיפדיה‬
‫המפתח לאנליזה גנטית הוא חקר מוטציות‬
‫שיטות המחקר‪:‬‬

‫השראת מוטציות‬ ‫‪‬‬

‫איתור מיקומן‬ ‫‪‬‬

‫יצירת צירופי מוטציות‬ ‫‪‬‬

‫חלק מוטציות קיימות‬ ‫‪‬‬

‫עוד בבסיס המחקר‪ :‬שימוש באורגניזם מודל‬ ‫‪‬‬

 ‫גנטיקה בעידן הפוסט גנומי‬
‫הגנטיקה בעידן הפוסט גנומי (אחרי עידן הריצוף) נשענת על מידע רחב של‬ ‫‪‬‬

‫גנומים מרוצפים שלמים‬

‫ניתן לחקור שינויים אבולוציוניים בכלים ממוחשבים רבי עוצמה (מחקרים‬ ‫‪‬‬

‫אבולוציוניים משיקים פעמים רבות למחקרים גנטיים)‬

 ‫מזיגוטה לאורגניזם‬
‫המידע המפרט את רצף שלבי ההתפתחות ואת כל מערכי בקרת הביטוי הגנטי‬ ‫‪‬‬

‫בתאי גופינו מצוי כבר בזיגוטה ולאחר מכן בכל תאי הגוף‪.‬‬

‫למערכת מעבר המידע ‪ 4‬תכונות בסיסיות‪:‬‬ ‫‪‬‬

‫◦ גיוון מבני‪ :‬מידע ליצירת טיפוסי תאים שונים‬

‫◦ יכולת הכפלה‪ :‬מתא בודד לאורגניזם שלם‬
‫◦ כשור השתנות‪ :‬אבולוציה‬
‫◦ תרגום‪ :‬לא די בהוראות הרכבה‪ ,‬דרוש מפעל ייצור‬
 ‫מבנה ה ‪ DNA‬ותכונותיו הביולוגיות‬
‫מולקולה של ‪ :DNA‬הסליל הכפול‪,‬‬ ‫‪‬‬

‫מורכבת משני גדילים משלימים‬

‫◦ שלד סוכרי הקשור לזרחה‬

‫◦ ‪ 4‬סוגי בסיסים נוקלאוטידיים‬
‫◦ חוק זיווג הבסיסים‬

‫מבנה ‪ .DNA‬תמונה מתוך וויקיפדיה‬

‫מבנה ה ‪ DNA‬ותכונותיו הביולוגיות‬
‫גיוון מבני‪:‬‬ ‫‪‬‬

‫‪ 4‬בסיסים בכל סידור אפשרי ובאורך שונה‪.‬‬

‫יכולת הכפלה‪:‬‬ ‫‪‬‬

‫המבוססת על זיווג בסיסים קבוע‬

‫כושר השתנות‪:‬‬ ‫‪‬‬

‫בעקבות השמטת‪/‬החדרת‪/‬שינוי בסיס‪.‬‬

‫תרגום לצורה ותפקוד‪:‬‬ ‫‪‬‬

‫מגן לחלבון (הקוד הגנטי) ומנגנוני בקרה מובנים‪.‬‬

 ‫‪The central dogma‬‬
‫‪of molecular biology‬‬

‫תהליכי הכפלת ה ‪,DNA‬‬

‫התעתוק והתרגום נשענים‬
‫על עקרון זיווג הבסיסים‬
‫הכפלת ה ‪DNA‬‬
‫הכפלת ה ‪ DNA‬נעשית במנגנון‬
‫של "הכפלה חצי משמרת"‬
‫‪Semiconservative replication‬‬
‫מגן לחלבון‪ :‬תעתוק ‪transcription‬‬
‫ה ‪ DNA‬מצוי בגרעין ואינו זמין‬ ‫‪‬‬

‫למערכות התאיות‬
‫‪ RNA‬שליח (‪messenger‬‬ ‫‪‬‬

‫‪ )RNA mRNA‬הוא תעתיק‬

‫עבודה‬

‫יתרונות‪:‬‬ ‫‪‬‬

‫◦ מספר עותקים גדול‬

‫◦ בקרה על מספר עותקים ועל‬
‫משך חייהם‬
‫◦ אי שחיקה של ה ‪DNA‬‬
‫מגן לחלבון‪ :‬תרגום ‪translation‬‬
‫רצף הנוקלאוטידים ב ‪" mRNA‬נקרא"‬ ‫‪‬‬

‫בקבוצות עוקבות של שלושה נוקלאוטידים‬

‫◦ כל קבוצה של שלושה נוקלאוטידים היא‬
‫קודון‬

‫באמצעות )‪ Transfer RNA (tRNA‬לכל‬ ‫‪‬‬

‫קודון מותאמת חומצה אמינית‬

‫◦ יכולה להיות התאמה של יותר מקודון‬
‫אחד לכל חומצה אמינית‬
‫◦ ישנם גם קודונים להתחלת תרגום‬
‫ולסיומו‬
‫תוכנית המחקר הגנטי‬
‫המחקר הגנטי משתמש בהבדלים‬ ‫‪‬‬

‫◦ וריאציות גנטיות בין פרטי אותו מין =‬

‫פולימורפיזם‬
‫◦ וריאציות בין מינים שונים = התפצלות‬
‫אבולוציונית‬

‫בהעדר פולימורפיזם טבעי ניתן ליצור אותו‬ ‫‪‬‬

‫(מוטגנזה)‬
 ‫מתחילים בפנוטיפ‪ :‬השוואה בין זן‬
‫בר לזן מוטנט או בין זנים‬
‫וריאנטיים שונים באוכלוסייה‬

‫ביצוע מוטגנזה מכוונת בגן ספציפי‬

‫‪Forward Genetics‬‬
‫‪VS.‬‬
‫‪Reverse Genetics‬‬
‫שיטות עבודה בגנטיקה‬
‫בידוד מוטציות‬ ‫‪‬‬

‫אנליזת צאצאים (הכלאות ושושלות)‬ ‫‪‬‬

‫אנליזה גנטית של תהליכים ביוכימיים‬ ‫‪‬‬

‫באמצעות אללים מוטנטיים‬

‫אנליזה מיקרוסקופית (מבנה כרומוזומים)‬ ‫‪‬‬

‫אנליזה ישירה של ‪( DNA‬ריצוף)‬ ‫‪‬‬

‫גנומיקה משווה‬ ‫‪‬‬

‫איתור מולקולות ספציפיות‪ DNA, RNA :‬וחלבון‬
‫על מנת לאתר מולקולות ספציפיות‬ ‫‪‬‬

‫מתוך כלל ה ‪ ,DNA‬ה ‪ RNA‬או‬

‫החלבונים בתא משתמשים בגלאי‬
‫(‪ )probe‬ייחודי למולקולה המבוקשת‬
‫איתור מולקולות ספציפיות‪ DNA, RNA :‬וחלבון‬
‫‪DNA: Southern blot‬‬ ‫‪‬‬

‫גלאי ‪ DNA‬מתבסס על עקרון זיווג‬ ‫‪‬‬

‫הבסיסים‬
‫משתמשים בגן משובט כגלאי‬ ‫‪‬‬

‫הניסוי מתבצע בגדילי ‪ DNA‬מופרדים‬ ‫‪‬‬

‫בדרך כלל יש לחתוך את ה ‪DNA‬‬ ‫‪‬‬

‫התאי לאחר המיצוי‬

‫איתור מולקולות ספציפיות‪ DNA, RNA :‬וחלבון‬
‫‪RNA: Northern blot‬‬ ‫‪‬‬

‫גם כאן מתבססים על עקרון זיווג הבסיסים‬ ‫‪‬‬

‫הגלאי הוא גן משובט (כמו עבור ‪)DNA‬‬ ‫‪‬‬

‫מפיקים את כל מולקולות ‪ RNA‬בתא‬ ‫‪‬‬

‫איתור מולקולות ספציפיות‪ DNA, RNA :‬וחלבון‬
‫חלבון‪Western blot :‬‬ ‫‪‬‬

‫נוגדן ספציפי לחלבון משמש כגלאי‬ ‫‪‬‬

‫שיטות מתקדמות‬
RNA-Seq: a revolutionary tool for
transcriptomics
‫אורגניזמים מייצגים (‪)Model organism‬‬
‫בחירת מודל מתאים‪:‬‬ ‫‪‬‬

‫◦ נגיפים‪ :‬מחקר מטבוליזם של ‪DNA‬‬

‫◦ פרוקריוטים‪ :‬הפלואידים וקלים לגידול‬

‫◦ איקריוטים‪ :‬שמר‪ ,‬פטריות תפטיר למחקר ביוכימה בסיסית (יצרניים)‬

‫◦ אורגניזמים רב תאיים‪:‬‬
‫‪ ‬תודרנית לבנה (ארבידופסיס) ‪ 5‬כרומוזומים בלבד וקצב גידול מהיר‬

‫‪ ‬זבוב התסיסה (דרוזופילה) ‪ 4‬כרומוזומים בלבד‪ ,‬כרומוזומי ענק (ניתן להבחין בהכפלות‪/‬חסרים)‬

‫‪ ‬הנמטודה ‪ C. elegans‬גופה בנוי מאלפי תאים בודדים הבונים מעין צינור שקוף‬

‫‪ ‬עכבר הבית ‪ ,Mus musculus‬מייצג את החולייתנים‬

 ‫גנים‪ ,‬סביבה ואורגניזם‬
‫אינטראקציה בין גנוטיפ לסביבה‬
‫הפנוטיפ נקבע הן על ידי ההרכב‬ ‫‪‬‬

‫הגנטי והן על ידי ההיסטוריה‬

‫הסביבתית‬
‫הגנום מצוי באינטראקציה עם‬ ‫‪‬‬

‫הסביבה במהלך כל חיי הפרט‬

‫עצור וחשוב‪ :‬מהי סביבה? כבר‬ ‫‪‬‬

‫בחלוקת התא יש מרכיב אקראי‪...‬‬

 ‫גנוטיפ ופנוטיפ‬
‫גנוטיפ‪ :‬אוסף כלל הגנים‬ ‫‪‬‬

‫פנוטיפ‪ :‬כל ההיבטים המורפולוגיים של האורגניזם‬ ‫‪‬‬

‫גנוטיפ צר ופנוטיפ צר‪ :‬של תכונה אחת מסך כל התכונות‬ ‫‪‬‬

 ‫פרק ‪7‬‬
‫‪ – DNA‬מבנה והכפלה‬
‫בפרק זה נדון בניסויים שהובילו למסקנה כי ה ‪ DNA‬הוא החומר הגנטי‬
‫נדון בגילוי מבנה ה ‪DNA‬‬
‫נלמד על מנגנון הכפלת ה ‪ DNA‬והקשר בין מבנה ה ‪ DNA‬למנגנון‬
‫ההכפלה‬
‫ועל מנגנון הכפלת הקצוות‬
 ‫‪ :1953‬פענוח מבנה ה ‪DNA‬‬
‫על ידי ‪James Watson‬ו ‪Francis Crick‬‬

‫למעלה‪ :‬כותרת המאמר הקלאסישל ווטסון וקריק‬

‫מתוך ‪ ,Nature‬אתר חגיגות ‪ 50‬השנה ל ‪.DNA‬‬
‫מימין‪ :‬ווטסון וקריק בשנת ‪ 1953‬ליד המודל‬
‫שהציעו‪.‬‬
 ‫‪annus mirabilis :1953‬‬
‫(‪)year of wonders‬‬ ‫‪‬‬

‫בשנה זו פורסמו מספר מאמרים קלאסיים‪ ,‬בתוכם מאמרם של ווטסון וקריק‬ ‫‪‬‬

‫אודות מבנה ה ‪ DNA‬ומאמרים של רוזלינד פרנקלין ומוריס וילקינס‬

‫מומלץ לבקר באתר ‪ DNA‬השנה ל ‪ 50‬של העיתון המדעי ‪ Nature‬על מנת‬ ‫‪‬‬

‫להתרשם‬
‫ווטסון וקריק הסתמכו על מידע קודם‪:‬‬
‫הגנים – קשורים לתכונות ספציפיות (מנדל)‬ ‫‪‬‬

‫השערת גן אחד ‪ -‬פוליפפטיד אחד‬ ‫‪‬‬

‫הגנים נישאים על גבי הכרומוזומים‬ ‫‪‬‬

‫הכרומוזומים מורכבים מ ‪ DNA‬וחלבון‬ ‫‪‬‬

‫ה ‪ DNA‬הוא החומר הגנטי ולא החלבונים‬ ‫‪‬‬

‫הגילויים שקדמו למודל מבנה ה ‪:DNA‬‬
‫גילוי הטרנספורמציה‪Frederick Griffith -‬‬
‫‪ ,1928‬ניסוייו של גריפית' בחיידק‬ ‫‪‬‬

‫‪ S. pneumoniae‬הדגימו כי‬
‫חומר כלשהו שמקורו בחיידקים‬
‫מהזן האלים הופכים חיידקים‬
‫מוחלשים לאלימים‪.‬‬

‫מיהו החומר?‬ ‫‪‬‬

 ‫מיהו החומר המתמיר?‬
‫‪Avery, MacLeod, and McCarty‬‬ ‫‪:1944‬‬
‫לחיידקים האלימים נרתיק המורכב מרב סוכרים‪ :‬האם זהו החומר המתמיר?‬ ‫‪‬‬

‫אייוורי‪ ,‬מקלאוד ומקרתי ניטרלו בכל פעם מרכיב אחר‪ :‬רב‪-‬סוכרים‪ ,‬חלבונים‬ ‫‪‬‬

‫וליפידים‪ ,‬שומן‪ RNA ,‬ו ‪DNA‬‬

‫רק לאחר ניטרול ה ‪ DNA‬איבדו החיידקים המתים את יכולתם להתמיר חיידקים‬ ‫‪‬‬

‫מוחלשים‬
‫המסקנה‪ :‬ה ‪ DNA‬הוא הגורם המתמיר‬ ‫‪‬‬
‫כיצד יכול חומר כה פשוט לקודד את מגוון החיים?‬
‫‪hershey-chase‬‬ ‫ניסויי‬ ‫‪:1944‬‬ ‫‪‬‬

‫מוכיחים כי בחיידקים המודבקים‬

‫ובפאג'ים החדשים החומר המסומן הוא‬
‫ה ‪DNA‬‬

‫ומכאן ‪:‬החומר התורשתי הוא ה ‪DNA‬‬ ‫‪‬‬

‫ולא החלבונים‬

‫מקור התמונה‬ ‫כאן ניתן לצפות בסרטון מומלץ המדגים‬ ‫‪‬‬

‫את הניסוי‬
‫חלקי המבנה שהיו ידועים לווטסון וקריק‬
‫ה ‪ DNA‬הוא חומר כימי פשוט המכיל‬ ‫‪‬‬

‫שלושה מרכיבים‪:‬‬

‫◦ קבוצת זרחה (‪)phosphate‬‬

‫◦ סוכר דאוקסיריבוז‬
‫◦ ארבעה בסיסים חנקניים‪ ,‬שני פורינים‬
‫(‪ )AG‬ושני פירימידינים (‪.)CT‬‬
‫עוד ידוע‪ :‬כללי ‪ Chrgaff‬להרכב בסיסים‬
‫אנליזת ‪ DNA‬באמצעות דיפרקציה של קרני ‪X‬‬
‫‪Rosalind Franklin‬‬
‫ל ‪ DNA‬מבנה צר וארוך‬ ‫‪‬‬

‫המורכב משני חלקים דומים‬ ‫‪‬‬

‫ומקבילים זה לזה לכל האורך‬

‫המולקולה סלילית‬ ‫‪‬‬

‫‪ nature 1953‬תמונה מתוך‬
 ‫הסליל הכפול‪ :‬תכונות עיקריות‬
‫שתי שרשרות (גדילים) של נוקלאוטידים זו לצד זו הנכרכות לצורת סליל כפול‬ ‫‪‬‬

‫(‪)double helix‬‬
‫שני גדילי הנוקלאוטידים מוחזקים על ידי קשרי מימן בין הבסיסים החנקניים‬ ‫‪‬‬

‫שלד כל גדיל עשוי מקבוצות זרחה‪-‬סוכר לסירוגין‬ ‫‪‬‬

‫שני הגדילים הם אנטי‪-‬מקבילים (‪)antiparallel‬‬ ‫‪‬‬

‫כל צמד בסיסים מורכב מבסיס פורין אחד ובסיס פירימידין אחד בהתאם לחוקי‬ ‫‪‬‬

‫צ'ארגף‬
‫◦ שימו לב שהקשר ‪ CG‬הוא בין ‪ 3‬קשרי מימן ואילו בין ‪ A‬ל ‪ T‬שניים בלבד‬
‫מנגנון הכפלת ה ‪ DNA: 3‬מודלים אפשריים‬

‫תאור שלוש המודלים שהוצעו עבור אופן הכפלת ה ‪ .DNA‬מתוך ‪Nature Education‬‬
Meselson and Stahl ‫ הניסויים של‬1958

Nature Education ‫מתוך‬

‫מנגנון ההכפלה‪ :‬פרימת הסליל הכפול‬

‫התרת קשי מימן בין שני הגדילים ע"י פרימוזום (הליקז ופרימז)‬ ‫‪‬‬

‫התרת פיתול יתר ע"י טופואיזומרז‬ ‫‪‬‬

‫קישור חלבוני הגנה ל ‪ssDNA‬‬ ‫‪‬‬

‫תמונה מתוך ‪Nature education‬‬

‫מנגנון ההכפלה‪ :‬הגדיל המוביל (‪ )leading‬והגדיל המאחר‬
‫(‪)lagging‬‬
‫סינטזת ‪ DNA‬נעשית רק מ ‪ ’5‬ל ‪’3‬‬ ‫‪‬‬

‫כתחלים (‪ )primers‬משמשים מקטעי‬ ‫‪‬‬

‫‪ RNA‬קצרים המשלימים ל ‪DNA‬‬

‫התחלים מסונתזים ע"י פרימאז‬ ‫‪‬‬

‫תמונה מתוך ‪Nature education‬‬

‫רק אחד משני הגדילים יכול לשמש תבנית לסינתזה בכיוון מזלג ההכפלה‬ ‫‪‬‬

‫הגדיל השני מסונתז במקטעי אוקזקי‬ ‫‪‬‬

 ‫מנגנון ההכפלה‪ :‬דנ"א פולימרזות‬
‫ב ‪ E. Coli‬חמישה ‪ DNA-Polimerases‬ובניהם‪:‬‬ ‫‪‬‬

‫‪:Pol-I‬‬ ‫‪‬‬

‫◦ בעל פעילות פולימרז מ ‪ ’5‬ל ‪.’3‬‬

‫◦ פעילות אקסונוקלאז מ ‪ ’3‬ל ‪ – ’5‬פעולת הגהה‬
‫◦ פעילות אקסונוקלאז ‪ ’5‬ל ‪ ’3‬לפירוק ‪dsDNA‬‬
‫◦ איטי‬
‫◦ נפוץ מאוד בתא‬
‫◦ מתנתק מהר‬
‫◦ מסיר את התחלים של ה ‪ RNA‬על הגדיל המתעכב וממלא אותם ב ‪DNA‬‬
‫מנגנון ההכפלה‪ :‬דנ"א פולימרזות‬
‫‪Pol-III‬‬ ‫‪‬‬

‫◦ הפולימרז העיקרי בתא‬

‫◦ בעל פעילות פולימרז מ ‪ ’5‬ל ‪.’3‬‬
‫◦ פעילות אקסונוקלאז מ ‪ ’3‬ל ‪ – ’5‬פעולת הגהה‬
‫◦ מסנתז את הגדיל המוביל באופן אחיד‬
‫◦ ואת הגדיל המתעכב במקטעי אוקזקי‬
 ‫דנ"א ליגז‬
‫לאחר סינטזת הגדילים על ידי ‪ Pol-III‬והחלפת מקטעי ה‬ ‫‪‬‬

‫‪ RNA‬במקטעי ‪ DNA‬תואמים ע"י ‪Pol-I‬‬

‫ליגז מאחה את קצה ‪ ’3‬של ה ‪ DNA‬החדש עם קצה ‪ ’5‬של קטע‬ ‫‪‬‬

‫אוקזקי במורד הזרם‬

 ‫הרפליזום האיקריוטי‬
‫מרכיבי הרפליזום האיקריוטי דומים למרכיבי הרפליזום הפרוקריוטי‬ ‫‪‬‬

‫הרפליזום האיקריוטי מורכב ממספר גדול יותר של חלבונים ומורכבותו רבה יותר‬ ‫‪‬‬

‫◦ באיקריוטים יש צורך לפרק את הנוקלאוזום (‪ DNA‬המלופף סביב להיסטונים)‬

‫◦ חלבוני ‪ CAF‬ו ‪ PCNA‬מרכיבים היסטונים על הסליל החדש‬
 ‫מוצא הכפלה ‪origin of replication‬‬

‫‪ E. Coli‬ופרוקריוטים אחרים‬
‫ההכפלה מתחילה באזור ספציפי וקבוע – מוצא ההכפלה‬ ‫‪‬‬

‫ב ‪ E. Coli‬נקרא ‪oriC‬‬ ‫‪‬‬

‫ההכפלה מתבצעת לשני הכיוונים‬ ‫‪‬‬

‫השלב הראשון‪ :‬קשירת חלבון ‪ DnaA‬לאזורים חוזרניים במוצא ההכפלה ועטיפת‬ ‫‪‬‬

‫הסליל הכפול בחלבונים אלו‬

‫‪ DnaA‬חיוני להכרבת הרפליזום אך אינו חלק ממנו‬ ‫‪‬‬
‫מוצא הכפלה ‪origin of replication‬‬
‫שמרים ואיקריוטים אחרים‬
‫הגנום גדול בהרבה‬ ‫‪‬‬

‫בכל כרומוזום מספר מוצאי הכפלה לאפשר הכפלה מהירה‬ ‫‪‬‬

‫מוצאי ההכפלה של איקריוטים דומים למוצא ההכפלה האוקריוטי‬ ‫‪‬‬

‫מזוהה על ידי קומפלקס ‪ORC‬‬ ‫‪‬‬

‫ה ‪ DNA‬מוכפל בשלב ‪ S‬בלבד (חזרו על שלבי מחזור התא)‬ ‫‪‬‬

‫הרכבת הרפליזום מתאפשרת רק לפני שלב ‪S‬‬ ‫‪‬‬

‫קראו בספר על מנגנון הבקרה‬ ‫‪‬‬

 ‫הכפלת ה ‪ :DNA‬בעיית הקצוות‬
‫לאיקריוטים יש כרומוזומים קוויים‬ ‫‪‬‬

‫הבעיה‪ :‬הכפלת הקצוות‬ ‫‪‬‬

‫בהכפלת הגדיל המוביל – אין בעיה‪ .‬ההכפלה נעשית עד קצה הכרומוזום‬ ‫‪‬‬

‫בגדיל המאחר‪ :‬לאחר הסרת פריימר ה ‪ RNA‬נותר קצה חד גדילי חשוף‬ ‫‪‬‬
‫טלומרים‪ :‬רצפים חוזרניים בקצות הכרומוזומים‬
‫(‪)Blackburn, Gall, Grieder‬‬

‫האנזים טלומרז – אחראי על סינטזת הקצוות‪.‬‬ ‫‪‬‬

‫טלומרז נושא איתו מקטע ‪ RNA‬קצר המשמש‬ ‫‪‬‬

‫כתבנית לסינתזת רצפי הטלומר החוזרניים‬

‫טלומרים‪ :‬מגני הקצוות‬
‫מדוע קצה כרומוזום זקוק להגנה?‬ ‫‪‬‬

‫קצה כרומוזום = שבר דו גדילי‬ ‫‪‬‬

‫שבר דו גדילי = אי יציבות גנומית –‬ ‫‪‬‬

‫התא פועל לתקנו במנגנונים שונים‬

‫הטלומרים בקומפלקס עם חלבונים‬ ‫‪‬‬

‫נוספים משמשים ככיפה המגנה על‬

‫קצות הכרומוזומים‪ .‬כך הם לא מזוהים‬
‫כשברים דו גדיליים‪.‬‬
 ‫שאלות חזרה‪:‬‬
‫האם היה הניסוי של מסלסון וסטאל מצליח לו השתמשו‬ ‫‪‬‬

‫בתאים של דיפלואיד איקריוטי?‬

‫שאלה נוספת‬
‫‪ ‬תאר מה היו תוצאותיו של הניסוי של מסלסון וסטאל אם היו‬
‫ממשיכים בו למשך ‪ 10‬דורות נוספים?‬
‫סטודנטית במעבדתו של גריפית מצאה ‪ 3‬דגימות חיידקים בלתי מסומנות‪ .‬היא ערכה‬ ‫‪‬‬

‫את הניסוי שתוצאותיו מפורטות בטבלה‪ .‬מה הכילו כל אחת מדגימות החיידקים?‬

‫הדגימה‬ ‫תגובת‬ ‫סוגי החיידקים שנמצאו‬

‫שהוזרקה‬ ‫העכברים‬ ‫בעכברים‬
‫דגימה א מכילה‪...‬‬
‫א‬ ‫מתים‬ ‫תאי ‪ S‬חיים‬
‫דגימה ב מכילה‪...‬‬ ‫ב‬ ‫אין תגובה‬ ‫אין‬
‫ג‬ ‫אין תגובה‬ ‫תאי ‪ R‬חיים‬
‫א‪+‬ב‬ ‫מתים‬ ‫תאי ‪ S‬חיים‬
‫א‪+‬ג‬ ‫מתים‬ ‫תאי ‪ R‬חיים ותאי ‪ S‬חיים‬

‫ב‪+‬ג‬ ‫מתים‬ ‫תאי ‪ S‬חיים‬

‫א‪+‬ב‪+‬ג‬ ‫מתים‬ ‫תאי ‪ S‬חיים‬
 ‫פרק ‪8‬‬
‫‪ – RNA‬תעתוק ועיבוד‬
‫בפרק זה נדון בתכונות ה ‪ RNA‬וסוגיו השונים‬
‫נלמד על תהליך התעתוק ועל עיבוד ה ‪ RNA‬לאחר התעתוק‬
‫נדון בסוגי ‪ RNA‬תפקודי ונגע ברעיון עולם ה ‪RNA‬‬
 ‫תעתוק‪ :‬מ ‪ DNA‬לחלבון בתיווך ‪RNA‬‬
‫‪Volkin, Astrachan‬‬ ‫‪‬‬

‫‪:pulse-chase experiment‬‬ ‫‪‬‬

‫גידול חיידקים עם אורציל מסומן‬ ‫‪‬‬

‫והפסקת הסימון‪ RNA :‬שנוצר מעט‬

‫מתוך המהדורה המקוונת‬ ‫לאחר הסרת הסימון כבר אינו מסומן‬
‫כלומר‪ RNA :‬הוא קצר חיים‬
‫ניסוי דומה באיקריוטים מראה כי מיד לאחר מתן האורציל המסומן נמצא הסימון בגרעין‪.‬‬
‫לאחר ההפסקה נודד הסימון לציטופלסמה ‪ RNA >-‬נודד מהגרעין לציטופלסמה‬
 ‫‪ RNA‬לעומת ‪DNA‬‬

‫ב ‪ RNA‬סוכר ריבוז המכיל אטום חמצן נוסף‬ ‫‪‬‬

‫‪ U‬במקום ‪ T‬ב ‪RNA‬‬ ‫‪‬‬

‫‪ U‬נקשר ל ‪ A‬וגם ל ‪G‬‬ ‫‪‬‬

‫חד גדיל בדרך כלל‬ ‫‪‬‬

‫יוצר מבנים מורכבים‬ ‫‪‬‬

‫עונה על כללי הסינתזה ובעל קצה ‪ ’5‬ו ‪’3‬‬ ‫‪‬‬

‫חלק ממולקולת ה ‪ RNA‬הן בעלות יכולת קטליטית‬ ‫‪‬‬

‫סוגי ‪RNA mRNA:‬‬
‫‪ mRNA‬רנ"א שליח‬ ‫‪‬‬

‫בשל‬ ‫‪RNA‬‬ ‫תעתיק‬ ‫‪‬‬

‫המשמש לסינתזת חלבונים‬

‫מקור‬
 ‫‪ RNA‬תפקודי ‪Functional RNA‬‬
‫‪tRNA‬‬ ‫‪ tRNA‬רנ"א מוביל‪ .‬מתווך‬
‫בין ‪ mRNA‬לח‪.‬אמינו‪.‬‬
‫מוביל ח‪.‬אמינו למקומן‬
‫‪snRNA‬‬

‫‪ snRNA‬מהוות חלק‬
‫אינטגרלי מקומפלקס‬
‫הספלייסוזום (שחבור)‬
 ‫‪ miRNA‬ו ‪siRNA‬באיקריוטים‬
‫מיקרו ‪ RNA‬ו ‪ siRNA‬נוצרות במנגנון‬
‫דומה ופועלות באופן דומה‪.‬‬

‫‪ miRNA‬מעכב סינתזת חלבון או מפרק‬

‫‪ mRNA‬מתאים‬

‫‪ siRNA‬מפרק ‪ mRNA‬מתאים‬
‫תעתוק ‪transcription‬‬
‫מולקולת ה ‪ DNA‬עצמה אינה נחשפת למנגנון‬ ‫‪‬‬

‫תרגום החלבונים‬
‫מולקולת ‪ mRNA‬מתועתקת מתבנית ‪ DNA‬ועל‬ ‫‪‬‬

‫גביה מתבצע התרגום‬

‫האנזים ‪ RNA Pol‬מסנתז ‪ RNA‬על תבנית ה ‪DNA‬‬ ‫‪‬‬

‫באופן הדומה מאוד לתהליך הכפלת ‪DNA‬‬

‫‪ RNA Pol‬פורם את ה ‪ DNA‬ושב ומלפף את‬ ‫‪‬‬

‫החלקים שתועתקו‬
‫כשמציגים רצפי ‪ DNA‬בספרות המדעית מציגים את‬ ‫‪‬‬

‫הגדיל הזהה לרצף ה ‪ RNA‬הנוצר‪ .‬זיכרו שרצף זה‬

‫(‪ )sense‬אינו משמש כתבנית‬
 ‫שלבי התעתוק בפרוקריוטים‪ :‬אתחול‬
‫הולואנזים ‪ RNA polymerase‬סורק את ה ‪DNA‬‬ ‫‪‬‬

‫ההולואנזים מורכב ממספר תת יחידות ביניהן גורם סיגמא‪ .‬קיימים מספר גורמי‬ ‫‪‬‬

‫סיגמא אלטרנטיביים (בקרה)‬

‫האנזים נקשר בדרך כלל לאזור המקדם (‪ )promoter‬הנמצא ‪ ’5‬לנקודת האתחול‬ ‫‪‬‬

‫בסיס ה ‪ DNA‬הראשון המתועתק מסומן ‪1+‬‬ ‫‪‬‬

‫שני אזורי הסכמה (קונצנזוס) מצויים באתרי ‪ 35-‬ו ‪10-‬‬ ‫‪‬‬

‫אתר האתחול מצוי ‪ ’5‬לנקודת תחילת התרגום וכך נוצר ‪UTR’5‬‬ ‫‪‬‬
‫רצפי הקונצנזוס בפרוקריוטים‬
‫שלבי התעתוק בפרוקריוטים‪ :‬התארכות‬
‫תהליך ההתארכות דומה מאוד לתהליך הכפלת ‪ DNA‬ומסתמך‬ ‫‪‬‬

‫על חוקיות זיווג הבסיסים והקשרים הכימיים‬

‫ככל ששרשרת ה ‪ RNA‬מתארכת בקצה ‪ ’3‬הולך קצה ‪ ’5‬ונדחק‬ ‫‪‬‬

‫החוצה‬
‫שלבי תעתוק בפרוקריוטים‪ :‬סיום‬
‫סיום תלוי ‪rho‬‬ ‫סיום אינטרינזי‬
‫החלבון ‪ rho‬נקשר לאזור‬ ‫סיום התעתוק מתבצע באזור‬
‫עשיר ב ‪ C‬ועני ב ‪G‬‬ ‫עשיר ב ‪ GC‬שלאחריו‬
‫ומסייע לניתוק האנזים‬ ‫שרשרת ‪ 6xA‬או יותר‬

‫בשל הרצף נוצר מבנה‬

‫)‪hairpin (stem and loop‬‬
‫הדוחף את האנזים לשחרור‬
 ‫תעתוק באיקריוטים‪:‬‬
‫ההבדל בין פרוקריוטים לאיקריוטים‬
‫גנום גדול יותר‪:‬‬ ‫‪.1‬‬
‫‪ ‬יותר גנים לתעתק‬
‫‪ ‬יותר ‪ DNA‬לא מקודד – מרחקים גדולים בין הגנים‬
‫‪ ‬שלב אתחול מורכב יותר (חיפוש מורכב– גן בכל ‪)100000bp‬‬

‫◦ התעתוק מתבצע על ידי אחד משלושה אנזימים‪:‬‬

‫‪( RNA-Pol I: rRNA ‬מלבד ‪)5S‬‬
‫‪ :RNA-Pol II ‬כל הגנים המקודדים‬
‫‪ :RNA-Pol III ‬מתעתק ‪ RNA‬תפקודי‬
 ‫תעתוק באיקריוטים‪:‬‬
‫ההבדל בין פרוקריוטים לאיקריוטים‬
‫קיום הגרעין‪:‬‬ ‫‪‬‬

‫הפרדה מרחבית בין תעתוק לתרגום‬ ‫◦‬

‫עיבוד ה‪ RNA‬לפני יציאתו לציטופלסמה‬ ‫◦‬

‫השפעת הכרומטין על התעתוק‬ ‫‪‬‬

‫באיקריוטים הגנום מאורגן כולו בכרומטין בעל חוקיות‬ ‫◦‬

‫מסודרת‪ .‬בפרוקריוטים הרבה פחות‬
 ‫אתחול התעתוק באיקריוטים‪ :‬מורכב‬
‫‪ RNA Pol II‬זקוק לגורמי תעתוק כלליים (‪ )GTFs‬לזיהוי מקדם (פרומוטור)‬ ‫‪‬‬

‫◦ )‪ GTFs (TFIIA, TFIIB‬מגייס את ליבת ‪ RNA-Pol II‬למקום הנכון‬

‫◦ ליבה‪ = GTFs +‬תצמיד קדם אתחול (‪ GTF 6‬שבעצמן מורכבות ממספר רב‬
‫של חלבונים)‬
‫גם המקדמים האיקריוטיים מצויים ‪ ’5‬לגן‬ ‫‪‬‬

‫◦ ‪ TATA Box‬באזור ‪30-‬‬

‫◦ שם נקשר ‪TBP‬‬
‫◦ מגייס את מולקולות ‪ >- GTF‬תצמיד קדם אתחול‬

‫‪ – CTD‬מתחם הזנב הקרבוקסילי‪ .‬האתחול מסתיים עם זרחון ה ‪CTD‬‬ ‫‪‬‬

 ‫מתחם הזנב הקרבוקסילי‬
‫‪CTD – carboxyl tail domain‬‬
‫חלק מתת יחידה ‪ ‬של ‪RNA Pol II‬‬ ‫‪‬‬

‫בעל תפקיד מפתח באתחול התעתוק‬ ‫‪‬‬

‫ממוקם ליד מקום ההגחה של ‪ RNA‬שסונתז כרגע‬ ‫‪‬‬

‫‪ CDT‬מזורחן ע"י אחת ממולקולות ‪GTF‬‬ ‫‪‬‬

‫הזרחון מחליש את הקשר בין ‪ Pol‬לתצמיד‬ ‫‪‬‬

‫◦ וכך מתחיל שלב ההתארכות‬

 ‫התארכות‪:‬‬
‫דומה להתארכות בפרוקריוטים אבל‪:‬‬ ‫‪‬‬

‫◦ בפרוקריוטים‪ :‬צימוד תעתוק תרגום‬

‫◦ באיקריוטים‪ :‬קודם עיבוד‪ .‬שלבי העיבוד נחלקים לשניים‬

‫‪ ‬עיבוד במהלך התעתוק – ‪cotranscriptional processing‬‬
‫‪ ‬עיבוד בתר תעתוק – ‪posttranscriptional processing‬‬

‫ל ‪ CDT‬תפקיד מרכזי בתאום תהליכי העיבוד‪:‬‬ ‫‪‬‬

‫◦ ‪ CTD‬עובר תהליכי ‪ .posttranslational modifications‬מצב זרחון‬

 ‫בקרת תהליכי עיבוד על ידי זרחון ‪CTD‬‬
‫מצב הזרחון של רצף חוזר‬ ‫‪‬‬

‫של ‪ 7‬חומצות אמינו קובע‬

‫איזה תהליך עיבוד יתרחש‬

‫‪Jun 18;582(14):1971-6. Epub 2008 Apr 22 FEBS Lett. 2008‬‬

 ‫עיבוד הקצוות‪cap ’5 :‬‬
‫עיבוד הקצה ה ‪ ’5‬מתרחש תוך כדי‬ ‫‪‬‬

‫התעתוק‬
‫הכיפה מורכבת מ‬ ‫‪‬‬

‫‪ 7methylguanosine‬המתחבר‬
‫לתעתיק באמצעות ‪ 3‬קב' זרחה‬
‫תפקידי הכיפה‪:‬‬ ‫‪‬‬

‫◦ הגנה על ה ‪ RNA‬מפני פירוק‬

‫◦ דרושה לתרגום‬

‫מקור התמונה‬
 ‫עיבוד הקצוות‪ :‬פוליאדנילציה ב ‪’3‬‬
‫סיום התעתוק מתבצע על ידי זיהוי‬ ‫‪‬‬

‫רצף שמור‬
‫◦ ‪AAUAAA/AUUAAA‬‬
‫‪Polyadenylation signal‬‬

‫ביקוע ‪RNA‬‬ ‫‪‬‬

‫הוספת זנב פולי ‪A‬‬ ‫‪‬‬

‫מקור האיור‬
‫שחבור והסרת אינטרונים‪( :‬פרס נובל לרפואה ‪)1993‬‬
‫‪Richard J. Roberts ,Phillip Allen Sharp‬‬
‫תהליך השחבור התגלה ב ‪ 1977‬תוך השוואה בין‬ ‫‪‬‬

‫רצפי ‪ DNA‬לרצפי ‪ mRNA‬של אותו גן‬

‫המידע המקודד נחלק לשניים‪:‬‬ ‫‪‬‬

‫◦ אקסונים‪ :‬מקודדים חלבונים‬

‫◦ אינטרונים‪ :‬מפרידים בין האקסונים ומוסרים מן‬
‫התעתיק הראשוני‬
‫מספר וגודל האינטרונים משתנה מגן לגן וממין‬ ‫‪‬‬

‫למין‬
‫תהליך השחבור החלופי הוא בעל תפקיד מרכזי‬ ‫‪‬‬

‫ביצירת מגוון הפרוטאום‬

 ‫שחבור חלופי‬
‫‪Alternative splicing‬‬

‫או‪ :‬מה ההבדל בין תולעים לבני אדם?‬ ‫‪‬‬

‫בתולעים ‪ c. elegance‬כ ‪ 12,000‬גנים‪.‬‬ ‫‪‬‬

‫בבני אדם כ ‪ 21,000‬גנים‬ ‫‪‬‬

‫בבני אדם מגוון הפרוטאום גדול יותר מאשר ב ‪c. elegance‬‬ ‫‪‬‬

‫מקור המגוון‪ :‬שחבור חלופי‬ ‫‪‬‬

 ‫שחבור חלופי‬
‫בבני אדם חל שחבור חלופי‬ ‫‪‬‬

‫ביותר מ ‪ 70%‬מהגנים‪:‬‬
‫‪ 21,000‬גנים יוצרים יותר מ‬ ‫‪‬‬

‫‪ 100,000‬חלבונים שונים‪.‬‬

‫בדרך כלל יש קשר בין החלבונים המיוצרים בשחבור חלופי‪:‬‬ ‫‪‬‬

‫‪ ‬מכילים תת קבוצות של אותם אקסונים‬

‫‪ ‬לעיתים מבצעים פעילות דומה בתאים מסוגים שונים‬
‫‪ ‬לעיתים מבצעים פעילות דומה בזמני התפתחות שונים‬
‫שחבור חלופי‬

‫מתוך‬

‫מתוך‬
 ‫‪ RNA‬תפקודי ושחבור‬
‫תהליך השחבור הוא מאוד מדוייק‬ ‫‪‬‬

‫בצמדי המפגש בין אינטרונים ואקסונים רצפים שמורים‬ ‫‪‬‬

‫◦ ‪The 5’GU-3’AG rule‬‬

‫◦ ‪ A‬שמור‬
‫השחבור מתבצע על ידי הספלייסוזום‪ :‬ריבונוקלאופרוטאין (‪ 5‬סוגי ‪)snRNPs‬‬ ‫‪‬‬

‫רכיבי הספלייסוזום מתחברים לרצפים השמורים והאינטרונים מוסרים בתהליך‬ ‫‪‬‬

‫מסודר‪:‬‬
‫◦ סרטון המראה את התהליך הכללי ואת הרצפים השמורים‬
‫◦ סרטון מורכב יותר המראה את כל רכיבי הספלייסוזום‬
 ‫כיצד נראה ‪ mRNA‬בוגר‬
‫סרטון המתאר את מסעו של ‪ mRNA‬מהגרעין אל הציטופלסמה‬
‫ואת השינויים שהוא עובר בדרך‬

‫מקור התמונה‬

‫מקור התמונה‬
‫אינטרונים המשתחברים בעצמם‬
‫‪Self splicing introns‬‬
‫‪Tom Cech 1981‬‬ ‫‪‬‬

‫גילוי ‪ rRNA‬המסיר מעצמו אינטרון ללא תיווך חלבוני‬ ‫‪‬‬

‫‪:Sidney Altman‬‬ ‫‪‬‬

‫גילוי ‪ RNase P‬שבו המרכיב הקטליטי הוא ה ‪ RNA‬ולא החלבון‬ ‫‪‬‬

‫חלקו פרס נובל לכימיה ‪ 1989‬על גילוי הריבוזימים‬ ‫‪‬‬

‫ריבוזימים ועולם ה ‪RNA‬‬
‫ריבוזימים הם מולקולות ‪ RNA‬הפועלות כקטליזטורים‪,‬‬ ‫‪‬‬

‫בדומה לאנזימים חלבוניים‪.‬‬

‫על פי תיאוריית עולם ה ‪ ,RNA‬המידע הגנטי בעולם‬ ‫‪‬‬

‫הקדום היה אצור ב ‪ RNA‬שיכול לשמש גם‬

‫כקטליזטור‪.‬‬
‫‪ siRNAs:‬מולקולת השנה ‪2002‬‬
‫‪ :David Baulcombe‬צמחי טבק‬ ‫‪Craig Mello‬‬ ‫‪,Andrew Fire‬‬
‫שהונדסו לבטא גן נגיפי הפכו‬ ‫‪ :1998‬השתקת גנים ב ‪C.‬‬
‫עמידים לוירוס!‬ ‫באמצעות ‪dsRNA‬‬ ‫‪Elegance‬‬
‫סינטטי‪( .‬פרס נובל לרפואה ‪)2006‬‬
‫בצמחים‪ :‬קוסופרסיה‬
‫בצמחים‪ :‬השתקת טרנסגנים‪:‬‬
‫לעיתים גן שמוחדר באופן מלאכותי‬
‫לעיתים גם אם טרנסגן משתלב‬
‫לצמח גרם להשתקת הגן המקורי‬
‫בכרומוזום הוא אינו מצליח‬
‫הקיים כך שאין ביטוי מהגן המקורי‬
‫להתבטא‬
‫ולא מהגן המוחדר‬

‫תופעה משותפת‪ :‬ייצור מוגבר של מולקולות ‪ RNA‬קצרות‬

 ‫‪ siRNA‬מנגנון פעולה‬
‫זיהוי ‪ dsRNA‬קיים‬

‫ביקוע למולקולות דו גדיליות קצרות‬

‫(‪)Dicer‬‬

‫פרימה למולקולות חד גדיליות‬

‫(‪)RISC‬‬

‫היברידיזציה ל ‪ mRNA‬ודגרדציה‬
 ‫פרק ‪9‬‬
‫חלבונים וסינתזת חלבונים‬
‫בפרק זה נדון במבנה החלבון‬
‫בקשר הלינארי בין גן לחלבון‬
‫נלמד על פענוח הצופן הגנטי ועל מנגנון התרגום התאי‪ tRNA :‬וריבוזומים‬
‫ונלמד על רעיון הפרוטאום‬
 ‫הקשר בין אנטיביוטיקה וריבוזומים‬
‫מהי אנטיביוטיקה?‬ ‫‪‬‬

‫‪( ‬בין היתר) אנטיביוטיקה הוא חומר הפוגע בפתוגן בלי לפגוע באדם‬

‫ריבוזומים‪ :‬מכונות ייצור החלבונים – שונה בין בני אדם וחיידקים‪.‬‬ ‫‪‬‬

‫‪ 40%‬מהאנטיביוטיקות פוגעות בריבוזום החיידקי‬ ‫‪‬‬

‫עדה יונתכלת פרס נובל לכימיה ‪ 2009‬מראה כאן סרט על הריבוזום‬ ‫‪‬‬

‫והאנטיביוטיקות הפוגעות בו (לפתוח בדקה ‪ .)36‬מומלץ לצפות בסרט בתום‬

‫לימוד היחידה‬
‫מבנה החלבון‬
‫חלבונים בנויים מתת יחידות‪ :‬חומצות‬ ‫‪‬‬

‫אמיניות (‪)amino acids‬‬

‫חומצות האמינו קשורות זו לזו בקשר‬ ‫‪‬‬

‫פפטידי ויוצרות פוליפפטיד‪ .‬לכל פוליפפטיד‬

‫קצה אמיני וקצה קרבוקסילי‬

‫מקור‬ ‫כל חומצות האמינו בעלות מבנה בסיסי‬ ‫‪‬‬

‫זהה‬

‫קבוצת )‪ R (reactive group‬מעניקה לכל‬ ‫‪‬‬

‫חומצה את התכונות הייחודיות לה‬

‫לחלבונים מבנה מורכב בעל‬
‫ארבע רמות‬
‫מבנה ראשוני‪ :‬פוליפפטיד‬ ‫‪‬‬

‫מבנה שיניוני‪ :‬קיפול ספונטאני‬ ‫‪‬‬

‫לסלילי אלפא או יריעות בטא‬

‫מבנה שלישוני‪ :‬ארגון מרחבי של‬ ‫‪‬‬

‫השרשרת הפוליפפטידית‬
‫מבנה רביעוני‪ :‬נוצר על ידי שילוב‬ ‫‪‬‬

‫מספר שרשרות פוליפפטידיות‬

‫מגן לחלבון‪ :‬הקבלה קווית‬
‫מבנה ה‪ DNA‬פוענח בשנת ‪1953‬‬ ‫‪‬‬

‫‪:Edward Lawrie Tatum George Beadle and‬‬ ‫‪‬‬

‫פרס נובל לרפואה‪ :1958 :‬גן אחד – פוליפפטיד אחד‬ ‫‪‬‬

‫‪Charles Yanofsky 1963‬‬ ‫‪‬‬

 ‫הקבלה קווית‬
‫‪Charles Yanofsky 1963‬‬
‫המאמר המקורי‪ :‬כאן‬ ‫‪‬‬

‫‪ Charles Yanofsky‬חקר את הגן ‪ trpA‬וזיהה ‪ 16‬אללים מוטנטים שקודדו‬ ‫‪‬‬

‫לאנזים לא פעיל‬
‫מיפוי האתרים המוטנטים נעשה באמצעות שכיחות רקומבינציה‬ ‫‪‬‬

‫כל מוטציה גרמה להחלפת ח‪.‬אמינית אחת‬ ‫‪‬‬

‫סדר המוטציות בגן תאמו את סדר ההחלפה בחלבון‬ ‫‪‬‬

‫המרחקים היחסיים בין המוטציות בגן תאומו את המרחקים היחסיים בין‬ ‫‪‬‬

‫החומצות המוחלפות בחלבון‬

‫מכאן‪ :‬יחס קולינארי בין רצף הגן לרצף החלבון‬ ‫‪‬‬
‫הקוד הגנטי וגילויו‬
 ‫הקוד הגנטי‪ :‬חופף או שאינו חופף?‬
‫הקוד הגנטי נקרא בשלשות‬ ‫‪‬‬

‫מכיוון שכל שינוי בבסיס דנ"א גורם לשינוי בח‪.‬אמינית אחת הרי‬ ‫‪‬‬

‫שהקוד הגנטי אינו חופף‬

‫כלומר‪ :‬כל בסיס נקרא במסגרת שלשה אחת בלבד (בחלבון אחד)‬ ‫‪‬‬
 ‫כמה "מילים" בקוד?‬
‫כל מילה היא באורך ‪ 3‬אותיות‬ ‫‪‬‬

‫יש ‪ 4‬אותיות (‪)ATGC‬‬ ‫‪‬‬

‫ולכן‪ 4X4X4 :‬אפשרויות למילים = ‪64‬‬ ‫‪‬‬

‫סך הכל ח‪.‬אמיניות – ‪20‬‬ ‫‪‬‬

‫‪ 64‬מילים = יתירות‬ ‫‪‬‬

‫שים לב לטבלה‪ :‬יותר מקודון אחד מקודד לכל ח‪.‬אמינית‬ ‫‪‬‬

‫עמדה ‪ 3‬של הקודון היא לעיתים חסרת משמעות‬ ‫‪‬‬

 ‫שימוש בסופרסורים להדגמת קוד‬
‫השלשות‬
‫מוטציה סופרסורית‪ :‬מוטציה המדכאת פנוטיפ מוטנטי שנוצר‬ ‫‪‬‬

‫קודם לכן על ידי מוטציה ראשונה‬

‫השראת מוטציה על ידי פרופלאבין (החסרה‪/‬השמטה של בסיס)‬ ‫‪.1‬‬

‫פנוטיפ מוטנט לא תקין‬ ‫‪.2‬‬

‫מוטגנזה נוספת על ידי אותו חומר‬ ‫‪.3‬‬

‫קבלת רוורטנט (חזרה לפנוטיפ זן הבר) על ידי מוטציה שניה‪.‬‬ ‫‪.4‬‬

:‫מוטצית השמטה והוספה‬
THE FAT CAT ATE THE BIG RAT
THE FAT CAT ATE THE BIG RAT
‫השמטה‬

‫הוספה‬

THE FAT ATAA TET HEB IGR AT

THE FAT ATA ATE THE BIG RAT

 ‫שלוש השמטות או שלוש הוספות‪:‬‬
‫חזרה לפנוטיפ המקורי‬
‫‪rIIA+‬‬
‫‪Wld type rIIA‬‬

‫‪… THE FAT CAT ATE THE BIG RAT...‬‬

 ‫הוספה של בסיס אחד‬
rIIA-

… THE FAT CAT ATE THE BIG RAT...

THE FAT CAR TAT ETH EBI GRA …

 ‫הוספת שני בסיסים‬
rIIA-

… THE FAT CAT ATE THE BIG RAT...

… THE FAT CAR TAT ETH EBI GRA …

… THE FAT CAR TAR TET HEB IGR …

 ‫הוספת שלושה בסיסים‬
rIIA-

… THE FAT CAT ATE THE BIG RAT...

… THE FAT CAR TAT ETH EBI GRA …

… THE FAT CAR TAR TET HEB IGR …

… THE FAT CAR TAR TOE THE BIG ...

‫הקוד הגנטי מנוון (‪)Degenerate‬‬
‫‪ 64‬קודונים אפשריים‬ ‫‪‬‬

‫‪ 20‬חומצות אמינו‬ ‫‪‬‬

‫האם ‪ 44‬הקודונים המיותרים אינם מקודדים?‬ ‫‪‬‬

‫מה יקרה אם אינם מקודדים? ‪ ---‬עצירת התרגום!‬ ‫‪‬‬

‫זה לא קורה‬ ‫‪‬‬

‫מסקנה‪ :‬יש יותר מקודון אחד לחומצה אמינית אחת‬ ‫‪‬‬

 ‫פיצוח הקוד הגנטי – ההתחלה‬
‫‪Matthaei Nirenberg and 1961‬‬
‫סינתזה של ‪ mRNA‬אחיד ותרגומו‪.‬‬ ‫‪‬‬

‫פרס נובל ניתן בשנת ‪ 1968‬לנירנברג‬ ‫‪‬‬

‫בלבד באחת ההחלטות השנויות‬

‫במחלוקת של ועדת הפרס‬

‫ו‬ ‫‪H. Gobind Khorana‬‬ ‫‪‬‬

‫מקור‬
‫עם‬ ‫חלקו‬ ‫‪Robert W. Holley‬‬
‫נירנברג את הפרס על פענוח הקוד‬
‫כולו‬
‫הקוד הגנטי‪ :‬ניוון וקודוני פסק‬

‫למצגת‬ ‫קישור‬ ‫זהו‬

‫המתארת את כל ניסויי‬
‫פענוח הקוד הגנטי‬
 ‫‪ tRNA‬המתאם‬
‫מבנה מרחבי זהה לכל מולקולות ה ‪tRNA‬‬ ‫‪‬‬

‫מזו‬ ‫זו‬ ‫נבדלות‬ ‫השונות‬ ‫המולקולות‬ ‫‪‬‬

‫באנטיקודון‬

‫‪ 20‬מולקולות אמינואציל ‪ tRNA‬סינתטאז‬ ‫‪‬‬

‫שתפקידן לטעון את מולקולות ‪tRNA‬‬

‫המבנה השלישוני של מולקולת ‪.tRNA‬‬
‫בחומצה אמינית ספציפית‪.‬‬ ‫כתום‪ :‬קצה ה‪ ;CCA-‬סגול‪ :‬הזרוע‬
‫המקבלת‪ .‬אדום‪ :‬זרוע ‪ .D‬כחול‪ :‬זרוע‬
‫האנטיקודון‪ .‬שחור‪ :‬אנטיקודון‪ .‬ירוק‪:‬‬
‫זרוע ‪.T‬‬
 ‫הקוד הגנטי מנוון ‪Wobble -‬‬
‫לרוב החומצות האמיניות יותר מקוד אחד שמקודד אותן‬

‫‪ .1‬מספר ‪ tRNA‬שונים מובילים את‬

‫אותה חומצה‬

‫‪ .2‬קיימים ‪ tRNAs‬המזהים יותר‬

‫מקודון אחד = ‪Wobble‬‬
‫מקור‬
‫תרגום‪ :‬הריבוזומים‪ ,‬המכונה המתרגמת‬
‫‪ 2/3‬מהמסה של הריבוזום היא ‪RNA‬‬
‫כנראה שה ‪ RNA‬הוא גם בעל התפקיד החשוב בריבוזום ולא החלבונים‬ ‫‪‬‬
‫מבנה הריבוזום‪ :‬פרס נובל לכימיה ‪2009‬‬
‫‪Venkatraman Ramakrishnan‬‬ ‫‪‬‬

‫‪Thomas A. Steitz‬‬ ‫‪‬‬

‫‪Ada E. Yonath‬‬ ‫‪‬‬

‫אתר המעבדהשל פרופ עדה יונת מכון וויצמן למדע‬ ‫‪‬‬

‫קישור לאחת ההרצאות של עדה יונת – מומלץ!‬

 ‫הריבוזום‪ :‬מבנה ותפקוד‬
‫אתר ‪ :A‬אתר קישור אמינואציל‬
‫‪ tRNA‬טעון נקשר לקודון‬
‫החשוף‪.‬‬

‫אתר ‪ :P‬מיקום השרשרת‬

‫הפוליפפטידית‪ .‬כאן קשור‬
‫‪ tRNA‬הקודם‪.‬‬
‫מקור‬
‫אתר ‪ :E‬כאן קשור ‪ tRNA‬חסר‬
‫חומצה אמינית ומכאן הוא‬
‫משתחרר מהריבוזום‬
‫מרכזים תפקודיים‪ :‬תפקיד נוסף ל ‪RNA‬‬
‫מרכז פענוח‪ :‬מוודא שרק מולקולות ‪ tRNA‬בעלות אנטיקודון מתאים תיכנסנה‬ ‫‪‬‬

‫לאתר ‪A‬‬
‫מרכז פפטידיל טרנספרז‪ :‬שם מזורזת יצירת הקשר הפפטידי‬ ‫‪‬‬

‫שני המרכזים מורכבים באופן בלעדי ממולקולות ‪RNA‬‬ ‫‪‬‬

‫האינטראקציה החשובה‪rRNA-tRNA :‬‬ ‫‪‬‬

 ‫תרגום‪ :‬אתחול‬
‫משימת האתחול‪ :‬מיקום אמינואציל ‪ tRNA‬ראשון באתר ‪P‬‬ ‫‪‬‬

‫כלומר‪ :‬קביעת מסגרת הקריאה‬ ‫‪‬‬

‫בד"כ ‪ AUG‬הוא הקודון הראשון‬ ‫‪‬‬

‫המתיונין הראשון מוחדר ע"י ‪( tRNAmeti‬אצל פרוקריוטים ‪)F-met‬‬ ‫‪‬‬

‫כיצד נבחר ה ‪ AUG‬הנכון? פרוקריוטים‬
‫◦ חלבונים הנחוצים לאתחול‪IF1 :‬‬
‫‪IF2 IF3‬‬

‫◦ תצמיד האתחול נקשר עוד בזמן‬

‫התעתוק‬

‫◦ רצף ‪ Shine-dalgarno‬מצוי‬
‫מקור‬ ‫לפני אתר ‪ AUG‬ראשון‪ .‬רצף זה‬
‫יוצר זיווג בסיסים עם ‪16S‬‬
‫‪rRNA‬‬
 ‫אתחול באיקריוטים‬
‫‪ mRNA‬יוצא אל הציטופלסמה עטוף חלבונים ולעיתים מקופל על עצמו‬ ‫‪‬‬

‫‪ eIF4A, B, G‬נקשרים לחלבוני הכיפה ‪ ---‬תצמיד אתחול‬ ‫‪‬‬

‫תזוזה לאורך ה ‪ mRNA‬ופריסתו‬ ‫‪‬‬

‫תוך כדי הסריקה מתבצע חיפוש אתר ‪ AUG‬מתאים‬ ‫‪‬‬

‫על מנת שלא תקבלו את הרושם המוטעה שהתהליך פשוט‪ :‬תמונה מתוך מאמר‬ ‫‪‬‬

‫‪ review‬על אתחול תרגום באיקריוטים‬

 ‫התארכות וסיום (פרוקריוטים)‬
‫סרט המדגים שרשרת‬ ‫‪‬‬
‫הולכת‬ ‫פוליפפטידית‬
‫ונבנית‬

‫סיום ההתארכות כאשר‬ ‫‪‬‬

‫גורמי שחרור מזהים את‬
‫אחד מקודוני הפסק‪,‬‬
‫נקשרים במקום ‪tRNA‬‬
‫לפרוק‬ ‫וגורמים‬
‫ושחרור‬ ‫הקומפלקס‬
‫הפוליפפטיד‬

‫מקור‬
 ‫הריבוזום והאנטיביוטיקות הפוגעות בו‬
‫סרט שהוכן עבור עדה יונת המתאר את פעילות הריבוזום ומבוסס‬ ‫‪‬‬

‫על מבנה אמיתי‬

‫סרט דומההמתאר את אתרי המטרה של אנטיביוטיקות שונות‬ ‫‪‬‬

‫הפוגעות בריבוזום‬
 ‫מוטציות סופרסוריות של מוטציות פסק‬
‫מוטציות פסק‪ :‬מוטציה הגורמת להפיכת קודון לחומצה אמינית‬ ‫‪‬‬

‫לקודון פסק (‪)non-sense mutation‬‬

‫מהי האסטרטגיה העדיפה לסופרסיה של מוטציות פסק?‬ ‫‪‬‬

‫‪ tRNA‬הטעון בחומצה אמינית רוכש יכולת לזהות מוטציית פסק‬ ‫‪‬‬

‫ומונע את סיום התרגום‬

‫בעיה?‬ ‫‪‬‬
 ‫סופרסיה למוטציות פסק‬
‫מה יקרה עם אותות הסיום הרגילים בחלבונים‬ ‫‪‬‬

‫האחרים???‬

‫שני אותות סיום אחד אחרי השני‬ ‫‪.1‬‬

‫תחרות בין גורמי השחרור ל‪ tRNA‬המוטנט‬ ‫‪.2‬‬
 ‫מונחים‪:‬‬
‫גנום‪ :‬כלל החומר הגנטי המצוי בכרומוזום‬ ‫‪‬‬

‫טרנסקריפטום‪ :‬כל הרצפים המתועתקים מהגנום‪ mRNA :‬וכן ‪RNA‬‬ ‫‪‬‬

‫תפקודי‬
‫פרוטאום‪ :‬כלל החלבונים המקודדים על ידי החומר הגנטי‬ ‫‪‬‬

‫הפרוטאום מועשר על ידי‪:‬‬ ‫‪‬‬

‫◦ שחבור חלופי‬
‫◦ שינויים שלאחר תרגום‬
‫שינויים שלאחר תרגום‪ :‬קיפול‬

‫קיפול נקבע על ידי‪:‬‬ ‫‪‬‬

‫◦ רצף‬
‫◦ סביבה מימית‬
‫◦ שפרונים‬
:Post translational modifications
 ‫שאלות חזרה‬
‫אחת הטכניקות לפיצוח הקוד הגנטי הייתה לסנטז ‪ mRNA‬עם חזרות שונות של בסיסים‪ ,‬למשל‪:‬‬
‫‪= AGA-AGA-AGA-AGA-AGA-AGA-AGA.... (AGA)n‬‬

‫‪Arg‬‬ ‫‪Glu‬‬ ‫‪Lys‬‬

‫כאשר הפפטיד כולל רק חומצה אמינית מסוג אחד ‪homopolymer -‬‬
‫‪AGA‬‬ ‫‪GAA‬‬ ‫‪AAG‬‬ ‫כאשר הפפטיד כולל יותר מסוג אחד של חומצה אמינית – ‪heteropolymer‬‬

‫לפעמים מאותו ‪ mRNA‬היו נוצרים פפטידים שונים‪ ,‬מה שמרמז על סינטזה המתחילה מבסיס שונה בכל‬
‫פעם‪.‬‬
‫לדוגמא‪ :‬מהצירוף (‪ n)AGA‬יש שלושה פולימרים ‪:‬‬

‫‪AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGA‬‬
‫הטבלה הבאה מראה את התוצאות שקיבל ‪ Khorana‬מניסוייו‪ ,‬ועפ"י הם פענח את הקוד הגנטי‪ -‬הוא‬
‫קיבל על כך פרס נובל ב‪.1968 -‬‬
‫צורת הרישום בטבלה בסדר בו מופיעים הרצפים אינה מעידה על משהו מסוים‪.‬‬ ‫‪‬‬
 ? ‫כיצד ניתן לפתור את הקוד הגנטי מהניסוי‬

ACACACACACACACACAC

CAACAACAACAACAACAA

(AC)n ACA,CAC Thr-His ACA=Thr

CAC=His
(CAA)n CAA, AAC, ACA poly-Thr, poly-Asn, poly-Gln
 ‫ מקודדים רק לשני‬n (GAU)n)GUA( ‫• מדוע‬
?‫הומופוליפפטידים‬
)UC(
n

‫ לא מצליחים‬n (GUAA)n)GAUA( ‫• מדוע‬

?‫לסנטז חלבון‬

GUAGUAGUAGUAGUAGUAGUA Val STOP Ser

GAUGAUGAUGAUGAUGAUGAU Asn Met STOP

 ‫ מקודדים רק לשני‬n (GAU)n)GUA( ‫• מדוע‬
?‫הומופוליפפטידים‬
)UC(
n

‫ לא מצליחים‬n (GUAA)n)GAUA( ‫• מדוע‬

?‫לסנטז חלבון‬

GAUAGAUAGAUAGAUAGAUAG
Asn-Arg-STOP Ile-Asn-Arg-STOP
STOP
 ‫שאלה נוספת‬
‫החסרת נוקליאוטיד אחד והוספת אחד אחר כעבור כ‪ 15-‬נוקליאוטידים‬ ‫‪‬‬
‫גורם לשינוי הבא‪:‬‬
‫‪Lys-Ser-Pro-Ser-Leu-Asn-Ala-Ala-Lys‬‬

‫‪Lys-Val-His -His-Leu-Met-Ala-Ala-Lys‬‬

‫מהו רצף ה‪ mRNA -‬הישן ומהו החדש?‬ ‫‪‬‬

‫איזה בסיס הוסף ואיזה הופחת?‬ ‫‪‬‬

Lys Ala Ala Asn Leu Ser Pro Ser Lys

Lys Ala Ala Met Leu His His Val Lys

 Lys Ala Ala Asn Leu Ser Pro Ser Lys

A A A C G C G U A A U U C U C C C U A A A
G C C G A G A G

Lys Ala Ala Met Leu His His Val Lys

A A A C G C G G U A U U U A C U A C U G A A A
G C C C G
 Lys Ala Ala Asn Leu Ser Pro Ser Lys

A A A C G C G U A A U U C U C C C U A A A
G C C G A G A G

Lys Ala Ala Met Leu His His Val Lys

A A A C G C G G U A U U U A C U A C U G A A A
G C C C G

G
A/U
 G

Lys Ala Ala Asn Leu Ser Pro Ser Lys

A A A C G C G U A A U U U A C U A C C U A A A
‫ישן‬ G C G A G

Lys Ala Ala Met Leu His His Val Lys

‫חדש‬ A A A C G C G G U A A U U U A C U A C C U G A A A
G C G