Hafta III

PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları

PCR ve PRİMER TASARIMI

Prof. Dr. Hilâl Özdağ

Erime Sıcaklığı (Melting Temperature Tm)

13 bazdan kısa: Tm= (wA+xT) * 2 + (yG+zC) * 4

13 bazdan uzun: Tm= 64.9 +41*(yG+zC-16.4)/(wA+xT+yG+zC)

http://www.basic.northwestern.edu/biotools/oligocalc.html
 Eşleniklik

Primer

Kalıp

Bağlanma/Annealing

Tanneal = Tm_primer – 4C

http://bioweb.uwlax.edu/GenWeb/Molecular/Seq_Anal/Primer_Design/primer_design.htm
 Saç Tokası Oluşumu

http://bioweb.uwlax.edu/GenWeb/Molecular/Seq_Anal/Primer_Design/primer_design.htm
 Oligonükleotid Dimeri

http://bioweb.uwlax.edu/GenWeb/Molecular/Seq_Anal/Primer_Design/primer_design.htm
 Dejenere Primer Tasarımı

http://bioweb.uwlax.edu/GenWeb/Molecular/Seq_Anal/Primer_Design/primer_design.htm
Primer Tasarımında Dikkat Edilmesi
Gereken Özellikler
• Oligonükleotidin tek bir dizilime özgül olması
gerekmektedir. Özgüllükte esas rolü oligonükleotidin 3’ucu
oynar.
• Saç tokası oluşturmaması için oligonükleotid kendi içinde
karşılıklı eşlenik baz dizileri içermemeli.
• Oligonükleotid çiftleri dimer oluşumuna neden olacak
şekilde birbirleri ile eşlenik olmamalı.
• Oligonükleotidlerin uzunluğu 18-24 baz arasında olmalı.
• Oligonükleotid çiftlerinin Tm’leri birbirine denk veya yakın
olmalı.
• Oligonükleotid dizilimleri için 3’ten fazla tekrar eden baz
olmamalı.
Primer Tasarımında Kullanılabilecek
Yazılımlar

-Primer Pearl: İnternetten ücretsiz indirilebilir.

- GCG: Accelrys, ICBR
- Primer3: MIT, web uygulama
http://www-genome.wi.mit.edu/cgi-bin/primer/primer3_www.cgi
- BioTools: BioTools, Inc. Lisans ICBR
- Diğerleri: GeneFisher, Primer!, Web Primer, NBI oligo program.

Tm Hesaplamaları için:
- BioMath: http://www.promega.com/biomath/calc11.htm
 Örnek Çalışma

-Primer Pearl: İnternetten ücretsiz indirilebilir.

-Primer Designer
-Primer3: MIT, web uygulama
http://www-genome.wi.mit.edu/cgi-bin/primer/primer3_www.cgi

BRCA1 gDNA NC_000017

cDNA NM_007294
Örnek Çalışma
Örnek Çalışma
Örnek Çalışma
Örnek Çalışma
 Örnek Çalışma
Fasta dosya tipi
Örnek Çalışma
Örnek Çalışma
Örnek Çalışma
Örnek Çalışma
Örnek Çalışma
Örnek Çalışma
Örnek Çalışma
Örnek Çalışma
Örnek Çalışma